System alchemii określa, w jaki sposób działają wszystkie preparaty alchemiczne, jak zdobywa się składniki oraz jak przyrządzać z nich mikstury.

W Mongolian Mercenaries alchemicy (nazwijmy tak Graczy zajmujących się alchemią) mogą wykonać kilka rodzajów preparatów. Są to mikstury i inne (tu zaliczają się np. bandaże, maści czy środki do konserwacji sprzętu). Mikstury można wypić, podać sojusznikowi, zatruć nimi broń lub rzucić w przeciwnika (jeśli posiadają odpowiedni efekt). Są jednorazowego użytku, a czas ich trwania jest określony i zależy od umiejętności Gracza. Maści także są jednorazowego użytku, lecz raz wykorzystane działają do końca bitwy. Każdy preparat wymaga odpowiednich składników i odpowiednio wysokiego poziomu umiejętności Alchemia Gracza. Siła mikstur zależy od umiejętności wytwarzającego miksturę, a nie używającego jej. Każda z mikstur posiada pewien efekt. By ją przyrządzić, potrzebne są dwa dowolne składniki o tym samym efekcie, lub dwie sztuki tego samego składnika, jeżeli jego efekt się powtarza. By przyrządzać mikstury z większej ilości składników niż dwa, lub przyrządzać preparaty o kilku efektach, Gracz musi posiadać odpowiedni Talent (np. Zaawansowaną Alchemię, kiedy gra Alchemikiem). Wyjątkiem jest pula efektów pomocniczych, które mogą współistnieć z innym efektem bez specjalnych ograniczeń, jednakże do jednego efektu głównego może działać tylko jeden efekt pomocniczy (tzn. bez Talentu nie da się stworzyć np. Lotnej Nalewki). Każdą miksturę bez efektu Lotności można użyć na broni. Mikstura (lub maść) staje się wtedy zatruta co oznacza, że podczas kolejnego ataku tą bronią zadziała na przeciwnika. Efekty tak użytych mikstur (trucizn) działają do końca bitwy lub do momentu skorzystania z odtrutki.

Każdy składnik posiada dwa efekty. Połączenie dwóch składników o tym samym efekcie pozwoli przyrządzić miksturę o danym efekcie, jeżeli poziom Alchemii Gracza jest wystarczająco wysoki. Każdy efekt charakteryzuje się swoistym działaniem. Efekty dzielą się na podstawowe i pomocnicze. Efekty podstawowe można łączyć dopiero posiadając odpowiednie Talenty, podczas gdy efekt pomocniczy można dodać do efektu podstawowego (ale tylko jeden na miksturę, chyba że posiada się odpowiedni talent). Nie da się stworzyć mikstury o samych efektach pomocniczych.
Efekty podstawowe:

Efekty pomocnicze:

Mikstury są podstawowymi preparatami alchemicznymi przygotowywanymi przez Graczy. By stworzyć daną miksturę, Gracz musi posiadać odpowiednio wysoki poziom Alchemii oraz dwa różne składniki o danym efekcie (efektach). Działanie przygotowanej mikstury zawsze wynosi:

Efekt (zależny od Alchemii Gracza) + Modyfikator poziomu mikstury + Modyfikator składników

A wartość przygotowanej mikstury to łączna suma wartości wszystkich jej efektów.

Mikstury mające wpływ na Współczynniki i Umiejętności (przywrócenie, obniżenie, premia) oraz mikstury Przemiany w Zwierzę potrzebują składników oznaczających. Jest to pula składników, które są wymagane do utworzenia mikstury działającej na konkretny Współczynnik lub Umiejętność lub zmieniających w konkretne stworzenie. Bez składnika oznaczającego mikstury te nie odnoszą skutku. Składnik będący składnikiem oznaczającym posiada także inne efekty i może być wykorzystywany do innych preparatów. Do otrzymania mikstury Przemiany potrzebny jest składnik zwierzęcy pochodzący z danego zwierzęcia. Mikstura pozwala stać się jedynie Stworzeniem Leśnym, Stepowym, Podziemnym lub Wodnym. Nie można przemienić się w Nieumarłego, Humanoida ani Stworzenie Mityczne. Mikstury uleczenia z choroby także wymagają składników oznaczających. Składniki oznaczające:

Inne preparaty mogące zostać przygotowane przez alchemików to m. in. maści, bandaże, proszki itd. Każdy z nich posiada ustaloną recepturę i wymagane składniki, podane w poniższej tabeli.

Wszystkie składniki należą do jednego z czterech rodzajów: mineralnych, zwierzęcych, roślinnych i żywności. Składniki mineralne zdobywa się tak samo, jak rudy i minerały. Składniki roślinne zdobywa się poprzez zbieranie składników. Składniki zwierzęce można zdobyć poprzez polowania lub zabijanie odpowiednich Stworzeń. Żywność można kupić lub wytworzyć. Większość składników można zjeść na surowo. Działają wtedy tak, jak jest to opisane w rubryce „Działanie po zjedzeniu”. Modyfikator składnika to wartość dodana do całkowitego efektu mikstury przyrządzonej z tego składnika. Niektóre składniki są składnikami oznaczającymi (patrz wyżej). Lista składników jest zbyt długa, by umieścić ją na tej stronie, ale jest dostępna tutaj.